15. yüzyılın başında Timur’un Anadolu’yu işgal etmesi ve büyük yıkımlar yapmaya başladığı süreçte Amasya da Timur’un askerlerince yedi ay boyunca kuşatılmıştır.

Yıldırım Bayezid’in Ankara Savaşı’nda (1402) Timur’a yenilerek esir düşmesi ve sonrasında şehzadeleri arasında meydana gelen taht kavgaları üzerine, Fetret Devri olarak bilinen bu dağılma sürecinde Osmanlı birliğini sağlamaya çalışan ve bunda da başarılı olan Çelebi Sultan Mehmet, bu mücadele yıllarında Amasya’yı kendisine merkez edinmiştir.

1402 yılında Yakut Paşa’nın Amasya Emiri olduğu dönemde, Timur tarafından Kara Devletşah Amasya’ya emir olarak atanmış, fakat Kara Devletşah Amasya halkı ve ileri gelenlerince zalim bir insan olarak bilindiğinden onun emirliği tanınmamış ve şehre girmesine izin verilmemiştir. Bunun üzerine Kara Devletşah Kağala/Hakala Köyü’nde konaklamış ve burada şehrin diğer kısımlarına hükmetmiştir.

Çelebi Sultan Mehmet, Kara Devletşah’ın bu şekilde hareket etmesine karşılık onunla savaşarak bozguna uğratmış ve Kara Devletşah savaş meydanında öldürülmüştür.

Osmanlılar Devri’nde Amasya, 15. yüzyılın ilk yarısından itibaren şehzadelerin görev yaptığı bir sancak ve aynı zamanda Eyalet-i Rum’un da merkezi konumundadır.

Amasya, Yörgüç Paşa’nın Beylerbeyi olduğu dönemde (1422/1435); Sivas, Tokat, Çorum ve Samsun sancaklarından müteşekkil bir vilayet olup, bu dönemde Amasya’ya “Rumiyye Vilayeti” deniliyordu.

Bu dönemde Amasya ve civarında Kızıl Koca Oğulları namıyla bilinen ve mevcut sistemin disiplini altına girmemiş olan bir Türkmen topluluğunun ortaya çıktığı ve bu topluluğun yörede eşkıyalık yaptığı, Yörgüç Paşa’nın ise bazı hileler ile bu grubu ve ele başlarını yakalatarak kılıçtan geçirdiği bilinmektedir.